Ball Sort Puzzle is een sorteerspel waarbij de speler zijn deductieve vaardigheden moet gebruiken om de juiste stappen te bepalen om ballen op kleur te sorteren in reageerbuizen in honderden levels. De reageerbuizen hangen op de voorgrond van een nachtelijk buitenbeeld.
De speler kan alleen een bal of ballen verplaatsen naar een buis met voldoende lege ruimtes en een bijpassende kleur bal. Telkens als ze een kleur ballen sorteren, schiet een reageerbuis gekleurde confetti. Als ze geen lege ruimte meer hebben, kunnen ze vast komen te zitten. Als ze nog maar ballen van één kleur hoeven te sorteren, sorteert het spel de ballen automatisch.
Ball Sort Puzzle bevat verschillende hulpmiddelen die de speler helpen sneller en efficiënter te sorteren. Er is een knop om het spel ongedaan te maken, gemarkeerd met een pijl terug en een hintknop met een lampje. Het biedt de speler ook de mogelijkheid om een extra reageerbuis aan het speelveld toe te voegen, maar de speler moet een advertentie bekijken om het hulpmiddel te kunnen gebruiken.
Het spel heeft geen timer, maar maakt het sorteerproces op andere manieren moeilijk. Naarmate de speler verder komt in elk level, begint het spel ballen van verschillende kleuren te mengen. De speler kan ook de extra reageerbuis optie niet gebruiken als hij een ad blocker gebruikt.