Muscle Clicker es un juego de incrementos click-tap con una temática de ejercicio y levantamiento de pesas. El objetivo del jugador es dirigir a un personaje superdelgado para que mejore su masa muscular mediante ejercicios con mancuernas, una bicicleta estática y competiciones.
El jugador puede personalizar su experiencia. En la parte superior de la pantalla, utilizan un icono amarillo marcado con una figura para cambiar el sexo del personaje, el color y estilo de su pelo y ropa, y su fuerza y resistencia. Recogen y almacenan los objetos comprados mediante el icono verde de inventario marcado con una pesa de mano. Compran equipamiento y estimulantes a través del icono rojo de la tienda marcado con una bolsa marrón. Apagan el sonido, ajustan la música y seleccionan un fondo diferente con el icono azul de ajustes marcado con un engranaje.
El juego permite seleccionar hasta tres pistas musicales. Con el fondo, el jugador puede seleccionar un dormitorio, una playa, una habitación con una ventana con vistas a un bosque, o una habitación lunar con rocas y estrellas y galaxias decorando las paredes.
Muscle Clicker recompensa al jugador con experiencia y dinero. El jugador controla su progreso y resistencia con dos barras horizontales. Pueden revisar sus fondos actuales de recompensas y eventos competitivos debajo de la segunda barra. A la derecha del personaje, el jugador puede seleccionar el modo de ejercicio con los dos iconos verticales superiores (pesas libres o bicicleta estática) y las competiciones (dominadas y sentadillas) con los dos iconos inferiores.
