Merge Blocks 3D ist ein dreidimensionales 2048-Puzzlespiel, das entspannende Elemente im Stil der Physik bietet. Das Ziel des Spielers ist es, Blöcke zu verbinden, bis sie einen Block bilden, der mit der Zahl auf einer Flagge übereinstimmt, die an einem Fahnenmast in der Mitte einer kreisförmigen, rotierenden Plattform weht.
Der Spieler rollt einen Projektilblock auf den Fahnenmast und andere Blöcke zu. Wenn zwei Blöcke übereinstimmen, verschmelzen sie und bilden automatisch den neuen Block mit der höheren Zahl. Wenn der Spieler einen Block erzeugt, der mit der Flagge übereinstimmt, erhält er Münzen und einen werbebasierten Münzmultiplikator. Truhen mit kostenlosen Münzen und anderen Schätzen erscheinen auf der Plattform während des Spiels und jedes Mal, wenn der Spieler aufsteigt. Außerdem erhält er Boni für Kombinationsmanöver.
Merge Blocks 3D erlaubt es dem Spieler, das Thema der Blöcke zu erweitern und andere Formen wie Früchte einzubeziehen. Außerdem gibt es Booster, die das Gameplay verbessern, darunter ein Megaphon, das die Plattform schüttelt, um einige passende Blöcke ineinander zu rollen, einen Magneten, der passende Blöcke unabhängig von ihrer Position auf der Plattform zusammenführt, und einen Farbball, der jeden Block aufwertet. Der Spieler kann auch eine Bombe benutzen, um einen Block zu sprengen, der ihm beim Zusammenfügen zweier Blöcke im Weg steht.