Fish Story 3 ist ein weiteres 3-Gewinnt-Puzzlespiel aus der lustigen und spannenden Fish Story-Reihe. Auf dem Grund des Ozeans, zwischen Algen, Schwämmen, Seeschlangen und Schildkröten, muss der Spieler drei oder mehr identische Gegenstände auf Spielbrettern Level für Level kombinieren, um Aufgaben für eine Meerjungfrau namens Pearl zu erfüllen. In der Regel sammeln sie Meereslebewesen und Gegenstände ein und führen andere Aktionen aus. Sie erhalten bis zu drei Leistungssterne pro Level und Münzen.
Der Spieler erstellt mächtige Werkzeuge und erhält Booster, die ihm helfen, schneller fertig zu werden, was wichtig ist, da er nur eine begrenzte Anzahl von Zügen erhält. Auf einem Spielbrett kann er Linien- und Kreuzexplosionen und Regenbogenbomben erzeugen, indem er mehr als drei Teile zusammenbringt und einzigartige Spielszenarien erstellt. Außerdem können sie mit Hilfe der Verschmelzungsmechanik zwei spezielle Gegenstände miteinander verbinden, um noch leistungsfähigere Möglichkeiten zum Entfernen und Sammeln von Gegenständen zu schaffen. Zusätzlich erhalten sie auf der rechten Seite des Spielbretts Booster, die es ihnen ermöglichen, Teile zu tauschen oder zu entfernen, um Linien zu bilden.
In Fish Story 3 erhält der Spieler Geschenke von Pearl und andere Belohnungen, wenn er bestimmte Level erreicht. Diese Gratisgeschenke geben ihnen normalerweise zusätzliche Münzen und Booster. Mit den Münzen können sie dann Booster aktivieren und kaufen.