In Bubble Shooter Challenge 2 muss der Spieler Punkte sammeln, indem er farbige Bonbonblasen abschießt, die wie Bälle umherhüpfen und am oberen Rand des Spielbildschirms hängen. Der Spieler muss eine Projektilblase mit zwei passenden Blasen verbinden, um eine Linie zu bilden, die zerplatzt. Die Blasen unterhalb dieser Linie fallen und zerplatzen, nachdem sie gegen die vertikalen Seitenwände des Spielfelds oder die Wände geprallt sind, die Bereiche mit der Anzahl der verfügbaren Punkte (50 | 100 | 250 | 100 | 50) trennen.
Der Spieler verwendet einen Shooter, der die Hauptprojektilblase und die nächste verfügbare Blase enthält. Außerdem erhält er Zugang zu einer Ziellinie, die aus farbigen Punkten besteht, die der Farbe des Hauptgeschosses entsprechen. Mit Hilfe der Punkte kann er den Schuss auf die richtigen farbigen Blasen in den Reihen ausrichten. Für aufeinanderfolgende Linienentfernungen erhalten sie Kombo-Punkte-Multiplikatoren. Die Blasen rutschen auf dem Spielfeld nach unten. Das Spiel endet, wenn auch nur eine unter den unteren Rand des Bildschirms rutscht.
Bubble Shooter Challenge 2 bietet einen goldenen Laser-Booster, der nach einer bestimmten Anzahl von aufeinanderfolgenden Linienentfernungen erscheint. Der Spieler kann den Laser durch alle Blasen auf dem Spielfeld schießen, um Punkte zu sammeln.
Das Spiel bietet auch eine Bestenliste mit 50 der besten Ergebnisse. Es fordert den Spieler auf, einen Benutzernamen und seine Punktzahl auf der Tafel zu vermerken.
