Fluffles Bubbles er et bobleshooter-spil med fantasy-tema, der tilføjer et unikt twist til genren. I stedet for at skyde flydende bobler i forskellige farver i vandrette rækker øverst på et spillefelt skal spilleren skyde tre eller flere sammenhængende fluffy, bobleformede væsner kaldet fluffles. Spillet har en baggrund af græs og tusindfryd. En svamp erstatter den traditionelle pileskytte med sigtepile. Hver mørkeblå, lyseblå, grøn, orange, pink eller gul fluffle trækker vejret dybt eller ruller med øjnene, mens de tålmodigt venter på, at spilleren skyder en anden fluffle mod dem. Spillet viser en timer over spillefeltet og antallet af skud, point og niveaunummer nedenunder. For at vinde Fluffles Bubbles skal spilleren skyde alle fluffles, inden rækkerne, der bliver flere og flere med tiden, når bunden af feltet.