Cube Commander er et kampspil, der kombinerer elementer fra terningebaserede crafting worlds og managementspil. Spilleren er via en kronebærende avatar øverstbefalende for en hær, der skal bekæmpe zombier og andre monstre, som hærger landet i skove, sumpe og andre miljøer. De indsamler ressourcer, især guld- og sølvbarrer, for at opbygge en hær af sværdbærende krigere, bueskytter og andre krigere. De bruger også deres rigdom til at stige i niveau og foretage opgraderinger af helbred, skade, hastighed, stabelkapacitet og andre områder.
Spilleren skal i første omgang forsøge at redde en kidnappet landsbyboer. Når de har samlet nok sølvbarrer til at købe telte, der genererer sværdbærende krigere, bruger de et Charge-område til at kommandere krigerne til at angribe fjenden. Indimellem samler de også flere sølv- og guldbarrer, mens krigerne distraherer zombierne. Spilleren kan øge hastigheden, hvormed de samler barrerne op, ved at se en reklame for at tjene et magnetværktøj.
Cube Commander tvinger ikke spillerne til at se en masse reklamer som lignende spil. Når det er sagt, kan spilleren kun få adgang til nogle værktøjer og våben ved at se reklamer, såsom en katapult, der affyrer TNT mod de fjendtlige tropper.
Det er vigtigt at bemærke, at spilleren også kan gemme ekstra guldbarrer i en kiste, før spillet skifter til næste niveau. De kan så vende tilbage til kisten og samle barrerne for at stige i niveau eller købe nødvendige genstande.
