Jelly Quest Mania är ett match-3-spel som utspelar sig på en ö med både varma och kalla temperaturzoner. Som i liknande spel kopplar spelaren ihop tre eller fler av samma typ av föremål, i det här fallet färgglada geléer, för att ta bort dem från brädet. De måste samla ett visst antal olika typer av geléer som visas i skärmens övre högra hörn, till exempel blå stjärnor, orange cirklar och lila blommor, innan tiden tar slut.
Spelet ändrar brädans form på olika nivåer, vilket innebär att spelaren kan behöva jobba sig runt luckor som inte har några former kopplade till sig. Det låser också in vissa geléer under metallstänger. När detta händer kan spelaren inte flytta eller använda geléerna förrän han eller hon låser upp dem genom att utföra connectmatcher runt dem (dvs. flytta två matchande geléer i position mot den låsta). Vissa geléer ändrar också utseende eftersom de vänder sig i sina utrymmen på brädet.
Om spelaren får slut på drag, ställer spelet automatiskt om positionerna för alla geléformer. Det erbjuder också så småningom spelaren en möjlighet att köpa och använda boosters, till exempel en hammare som bara tar bort en geléform åt gången. Om spelaren vinner får han/hon upp till tre gyllene stjärnor och mynt.
