Hole Run 3D är ett hyperkasuellt, tredimensionellt springspel som på ett unikt sätt tar sig an klassisk tegelbrytningsmekanik. Spelet har ett virvlande magiskt hål framför en rödvit virvelrandig boll som automatiskt rullar nerför en blå, rosa och violett bana som hänger ovanför en orange bakgrund. Till skillnad från traditionella runspel styr inte spelaren bollens rörelse. Istället justerar de hålets position. De måste använda kreativa strategier för att flytta den på ett sätt som bäst skapar en bana på banan genom gula och orange block i olika former. Deras mål är att hjälpa bollen att nå en vitmarkerad mållinje.
Luften, gravitationen eller annan kraft som genereras av interiörens virvlande rörelse suger snabbt in blocken i hålet, vilket innebär att spelaren bara behöver tänka på positionerna för varje block och kraftens rotation. Om spelaren misslyckas med detta går bollen sönder som en bit krossat porslin. De trasiga bitarna visar bollmönstret på utsidan och en solid röd färg på insidan.
Hole Run 3D ger spelaren möjligheter att ändra bollens utseende. De får poäng i form av vita konturerade diamanter. De kan använda dessa diamanter för att köpa andra skinn, inklusive en vattenmelon eller apelsin och en vit snöboll.
