Fish Story 2 är nästa spännande match-3-pusselspel i Fish Story-serien. Spelaren hjälper en sjöjungfru att samla undervattensföremål, som sjöstjärnor, snäckor och maneter, över många nivåer som representeras av trappstenar på en stig djupt nere i havet. Varje nivå i spelet innehåller en uppgift som ges till spelaren. De slutför uppgiften genom att anpassa tre eller flera matchande föremål i en rad eller kolumn på ett bräde.
Spelet ger spelaren flera metoder för att samla föremål snabbare. Om de ansluter mer än tre matchande föremål kan de skapa en booster som en linjebomb, en korsexplosion och en färgbomb. Med färgbombsboostern kan de till exempel använda bomben för att ta bort alla föremål av samma typ från spelplanen med ett drag. De låser också upp flera boosters, inklusive en swap booster och en trident. Spelaren kan köpa ytterligare boosters med mynt som de tjänar i slutet av varje nivå och få gratis dagliga gåvor och skattkistefynd.
Fish Story 2 erbjuder andra roliga typer av spel. Spelaren kan samla mysterieanteckningar och till och med spela i en turnering.