Cubito är ett arkadspel med oändliga löpare som har element som liknar ormspel. Spelaren måste styra en orm eller ett tåg av magenta kuber nedför två spår av neongröna kuber som hänger i ett lila område som liknar yttre rymden. Deras enda uppgift är att hålla kuberna på ett av de två spåren så länge som möjligt för att uppnå sin bästa poäng.
Som i ormspel kan spelaren förlora kuber från sin orm/tåg om de misslyckas med att styra den runt hinder på spåren, inklusive lila väggar och rosa barriärer. Banorna har också korta och breda luckor som kan göra det svårt för spelaren att bedöma avstånd och tillgänglig återstående bana i en sektion. Spelet har röda omvända spår som både är dödliga att röra vid och som expanderar och drar ihop de gröna spåren, vilket gör det ännu svårare att bedöma var luckorna finns. Dessutom finns det vita fartkuber med pilar som gör att spelarens kuber rör sig för snabbt på ett spår.
Varje gång spelaren stöter på ett hinder eller misslyckas med att stanna delvis på ett grönt spår förlorar han magenta kuber. Om deras kuber slår in i ett hinder eller faller genom en lucka förlorar de spelet. De måste då starta om och försöka göra bättre ifrån sig än sin senaste bästa poäng.
Cubito tillhandahåller ett helande verktyg för att ge spelaren en möjlighet att fortsätta på de gröna banorna. Varje gång spelaren dirigerar kuberna genom en magenta kub med ett hjärta på, växer hela ormen/tåget tillbaka till sin ursprungliga storlek.
