Bubble Guriko är ett bubbelpoppingspel som erbjuder nya element i det klassiska spelet. En skurk vid namn Cosmos har bestämt sig för att ta semester på öar som bebos av en ras som kallas Gurikos. När baby Gurikos äter sina jordgubbar och dricker sin dryck fångar han alla i bubblor. Spelaren hjälper föräldrarna genom att utföra bubbelpoppningsuppgifter för att nå bebisarna i mer än 100 nivåer.
Som i de flesta bubbelskjutningsspel hänger rader av sammanhängande, blandade bubblor från toppen av ett fält. Babyn Gurikos i bubblorna fastnar i hela mönstret. Till skillnad från andra spel finns det ingen pil, kanon eller ring "skytt" som spelaren använder för att skjuta en projektilbubbla från fältets botten. Istället väljer de en bubbla som produceras av Cosmos och hans magiska stav som flyter upp mot raderna och sedan ett separat, skuggmål bredvid två eller flera matchande sammanhängande bubblor.
Bubble Guriko har också boosterbubblor. Spelaren kan använda en katapultbubbla för att spränga svåråtkomliga bubblor, en regnbågsbubbla för att skjuta valfri färg eller typ av bubbla och en strålbubbla för att slå ut en horisontell rad av bubblor. De köper ytterligare boosters med jordgubbar.
Spelaren får poäng och stjärnor som belöningar. De får också XP för prestationer, till exempel att rädda ett visst antal baby Gurikos, samla ett visst antal stjärnor och låsa upp specifika boosters. Slutligen kan de ansluta sig till andra spelare på Facebook.