O Cool Merge é um jogo incremental com elementos de fusão que se centra especificamente na evolução da vida na Terra. O objetivo do jogador é fundir formas de vida até recriar pessoas da história recente e da sociedade moderna e depois ir mais além para criar potenciais formas de vida do futuro próximo e distante. O jogador também ganha moedas através de interacções com as formas de vida e da geração automática de dinheiro ocioso a partir de cada nova vida.
O jogo refere-se a todas as formas de vida como Sapiens, mesmo as não-humanas. O jogador parte sementes semelhantes a ovos para revelar Amoeba Sapiens. Eles fundem outras idênticas para criar o Scorpion Sapiens. À medida que avançam nas fusões, criam ovelhas, dinossauros, preguiças e gorilas. Quando esta era inicial termina, o jogador desbloqueia uma nova era, de entre seis eras possÃveis, que apresenta humanos, incluindo homens das cavernas, agricultores, cavaleiros, princesas e bobos da corte.
O jogador deve alternar entre eras para chegar a um ponto em que, com o dinheiro que ganha, pode parar de usar as sementes da primeira era e, em vez disso, deixar cair caixas na era atual que apresentam a forma de vida mais atual e mais evoluÃda dessa era. Abrir as caixas é equivalente a partir as sementes. O jogador então simplesmente mescla os humanos correspondentes.
A Fusão Legal permite que o jogador use reforços assistindo a anúncios. O jogador pode configurar boosters para gerar mais moedas, atualizar sementes e acelerar eventos. Também podem ganhar recompensas monetárias elevadas seleccionando repetidamente Sapiens no ecrã durante corridas especiais em que têm de fazer passar uma barra horizontal azul por uma vermelha.