Funny Bone Surgery é um jogo de simulação de carreira. O jogador deve tratar uma menina que sofreu ferimentos graves depois de se distrair enquanto andava de skate e bater num pára-choques de metal duro na parte de trás de um carro estacionado.
O jogador efectua tratamentos habitualmente realizados em serviços de urgência e em salas de emergência. Embora o jogo forneça muitas das ferramentas que o pessoal médico de emergência pode utilizar numa situação semelhante no mundo real, também contém aspectos irrealistas que facilitam a compreensão de tratamentos complicados por parte dos jogadores mais jovens. Por exemplo, o jogador efectua passos médicos extremamente básicos que introduzem conceitos como a anestesia e os raios X. Também cura feridas quase instantaneamente e mata germes antropomórficos com um objecto afiado.
Quando o jogador completa todas as tarefas médicas, tem a oportunidade de fazer uma transformação. Pode mudar a cor, o estilo e o comprimento do cabelo da rapariga. Pode actualizar a roupa, a funda, o sapato, o gesso ou a bota e a bengala. Também podem acrescentar manualmente acessórios decorativos ao rosto da rapariga. Dito isto, o jogo oferece um botão de aleatoriedade marcado com pontos de interrogação impressos num dado que selecciona automaticamente os itens.
Funny Bone Surgery recompensa o jogador sempre que este completa uma tarefa especÃfica. Por exemplo, o jogador recebe reconhecimento por limpar toda a sujidade, usar ferramentas médicas pela primeira vez, curar olhos magoados, eliminar germes, terminar todos os puzzles e experimentar todos os itens e acessórios de vestuário.