Fish Story 2 é o próximo jogo de puzzle de combinar 3 da série Fish Story. O jogador ajuda uma sereia a recolher objectos submarinos, como estrelas-do-mar, conchas e medusas, em vários nÃveis representados por degraus num caminho nas profundezas do oceano. Cada nÃvel do jogo inclui uma tarefa dada ao jogador. O jogador completa a tarefa alinhando três ou mais itens iguais numa linha ou coluna do tabuleiro.
O jogo fornece ao jogador vários métodos para recolher itens mais rapidamente. Se ligar mais de três itens iguais, pode criar um impulsionador, como uma explosão de linha, uma explosão de cruz e uma bomba colorida. Por exemplo, a bomba colorida permite-lhe utilizar a bomba para remover todos os itens do mesmo tipo do tabuleiro com uma só jogada. Também desbloqueia vários boosters, incluindo um booster de troca e um tridente. O jogador pode comprar reforços adicionais com as moedas que ganha no final de cada nÃvel e receber presentes diários gratuitos e baús de tesouro.
Fish Story 2 oferece outros tipos de jogabilidade divertida. O jogador pode recolher notas misteriosas e até participar num torneio.