Zen Triple 3D is een driedimensionaal matching- en sorteerspel. De speler moet drie identieke voorwerpen verzamelen die in een heldere bel voor een hoogwaardige natuurachtergrond zweven. De missie van de speler in elk level is om alle voorwerpen te verwijderen voordat de tijd om is.
De bel biedt een 360-graden beeld van de voorwerpen die erin zitten. Toch kan de speler moeite hebben met draaien en afstand waarnemen. De bel draait langzaam. Bovendien lijken sommige voorwerpen kleiner dan andere.
Het spel biedt zeven lege vakjes op de tafel onder de bel voor het overzetten van voorwerpen en het maken van overeenkomsten. Als de speler drie dezelfde voorwerpen selecteert, verwijdert het spel de voorwerpen van de tafel. Als het niet lukt om dezelfde voorwerpen te selecteren, raken de lege vakjes op.
Na verloop van tijd neemt het aantal voorwerpen in de bel toe. Als de speler opeenvolgende overeenkomsten voltooit, verdient hij vermenigvuldigers. Aan het einde van een level verdienen ze een laatste tijdbonus en krijgen ze de kans om een scorevermenigvuldiger te gebruiken. In de meeste gevallen moeten ze advertenties bekijken om deze voordelen te krijgen.
Zen Triple 3D biedt boosters en hulpmiddelen om het spel te verbeteren, waaronder een magneet, een automatische matcher en een 10-seconden bevriezing van de klok. De speler verzamelt ook munten waarmee hij opties kan betalen. Als ze bepaalde mijlpalen bereiken, zoals het voltooien van een bepaald aantal levels of het verzamelen van een bepaald aantal sterren, kunnen ze schatkisten ontgrendelen met gratis munten en boosters, nieuwe itemsets en achtergrondthema`s.