Water Sort Puzzle is een logisch puzzelspel. De speler moet lagen gekleurde vloeistofbanden in reageerbuizen in laboratoriumstijl verplaatsen totdat elke reageerbuis is gevuld met een vaste vloeistof.
De speler kan maar één gekleurde band tegelijk van de ene reageerbuis naar de andere verplaatsen. Het spel geeft ze twee transferopties. Ze kunnen de vloeistof in een leeg bakje sorteren of over een bandje in een half gevuld bakje met een bovenste bandje van dezelfde kleur gieten. De speler kan alleen bijpassende kleuren overgieten in reageerbuisjes die al vloeistof bevatten.
Water Sort Puzzle biedt de speler de mogelijkheid om een zet tot vijf keer per level ongedaan te maken. In tegenstelling tot soortgelijke spellen wordt de speler niet gestraft of gedwongen om een advertentie te bekijken. Sterker nog, als de speler vast komt te zitten en geen zetten meer heeft, kan hij het level gewoon helemaal opnieuw laden. In sommige levels kunnen ze ook gratis een extra lege reageerbuis aan het speelveld toevoegen.
Het spel beloont de speler pas als hij alle stroken vloeistof heeft gescheiden in afzonderlijke, vastgekleurde containers. Wanneer dit gebeurt, verschijnen er kort confettideeltjes op het scherm.
