Merge Bistro is een simulatiespel dat zich richt op het opbouwen van een wereld door middel van merge, match-3 en crafting mechanics. De speler helpt de hoofdpersoon, Mai, een restaurant te bouwen op een eiland terwijl ze de wereld verkent. Ze sturen haar en andere personages, waaronder bouwvakkers met apen, aan om planten te laten groeien, gewassen te oogsten, grondstoffen te verzamelen, heerlijke maaltijden te bereiden en verborgen gebieden en voorwerpen te openen.
De speler voltooit zijn missie door drie of meer identieke natuurlijke voorwerpen te combineren op tweekleurige groene vierkanten in een geruit landschap. Naast het maken van planken uit het omhakken van Dryad-bomen, kunnen ze ook speciale kisten onthullen die ze nodig hebben om andere voorwerpen of energie, sterren en munten te produceren voor toekomstig gebruik, aankoop, verkoop of handel. Ze voeren ook samenvoegingen uit om nieuwe bondgenoten te onthullen. De speler kan bijvoorbeeld drie aardappelplanten samenvoegen om aardappels te produceren voor gebruik in gerechten zoals gebakken aardappels of suikerriet om appeltaarten te maken. Na een tijdje ontgrendelen deze acties de andere personages.
Merge Bistro bevat veel verschillende spelvormen en mogelijkheden om items te verdienen die het makkelijker maken om te blijven spelen. Het spel biedt dagelijkse gratis items, gelukskaartitems, geschenkdozen en -zakken en een marktplaats. Het biedt zelfs videoadvertenties om energie, geld en diamanten terug te krijgen.