Mecha Run is een casual loopspel waarbij een speler, via een gele stickman met een groot hoofd, hendels moet gebruiken om een mecha rond, door of over obstakels te leiden op verschillende hindernisbanen in een oceaanlocatie. Het doel van de speler is de mech te helpen een zwart-witte finishring te bereiken aan het einde van het parcours. Als een obstakel de mech te veel schade toebrengt in een level, moet de speler het level opnieuw beginnen.
De hindernisbanen bevatten bruine en grijze muren, draaiende zaagbladen en andere bedreigingen. Na zoveel levels moet de speler ook deelnemen aan een eindbaasgevecht. De speler gebruikt hendels op de mech om deze naar links, midden of rechts te bewegen op een parcours. Ze kunnen de mech echter niet altijd om een gevaar heen sturen. Daarom moeten ze speciale vaardigheden, hulpmiddelen en wapens uitrusten. Ze kunnen bijvoorbeeld een shockwave bonus uitrusten die een puls uitzendt die grijze blokmuren neerhaalt, een onoverwinnelijke kracht die de mech afschermt of een vliegende drone die bommen laat vallen. Tools en wapens zijn onder andere een vuurbalkanon, een puntboor en een nitro-stijl motor.
Mecha Run voorziet de speler van nieuwe tools en wapens na elke succesvolle run. De speler moet advertenties bekijken om bonusvaardigheden uit te rusten.
