Happy Glass 3 is een logisch-puzzelspel met semi-realistische fysica, een tekenbehoefte en antropomorf glaswerk. Het doel van de speler in 25 levels is om drinkglazen blij te maken door ze te vullen met water uit dispensers. Ze moeten met de hand getekende lijnen van stippen gebruiken om de waterstroom langs objecten en openingen te leiden die voorkomen dat een glas water krijgt.
De speler gebruikt een potlood om de lijnen op de witte achtergrond van grafiekpapier te tekenen. Ze moeten langzaam en zorgvuldig tekenen omdat het potlood alleen zwarte stippen op het papier zet. In tegenstelling tot soortgelijke spellen kunnen ze de lijnen echter wel opnieuw tekenen nadat het water uit de dispenser komt.
Het water stroomt ook in de vorm van balletjes in plaats van een ononderbroken stroom, wat betekent dat de speler moet voorkomen dat er balletjes tussen de stippen van de lijnen vallen. De ballen stoppen ook met rollen en stromen op verschillende intervallen. Deze actie kan voorkomen dat het water op tijd in een glas boven de vullijn valt.
Happy Glass 3 beloont tot drie sterren als de speler het goed doet. Het spel biedt veel uitdagingen, waaronder objecten waar moeilijk omheen te trekken is en water dat in richtingen stroomt die niet in de buurt van een glas komen. De speler moet vertrouwen op zijn kennis van zwaartekracht en natuurkunde om zijn oplossingen te leiden.
Het spel beloont de speler ook met munten. Dit geld gebruiken ze in drie categorieën (Water, Potlood en Gezicht) om respectievelijk kleur-, ontwerp- en sfeerupgrades uit te voeren.