Bubble Shooter Challenge 2 laat de speler punten verdienen door op gekleurde snoepbellen te schieten die als ballen rond stuiteren en aan de bovenkant van het spelscherm hangen. De speler moet een projectiel met twee dezelfde bellen verbinden om een lijn te maken die knalt. Bubbels onder die lijn vallen en knallen nadat ze tegen de verticale zijmuren van het speelveld of de muren die gebieden scheiden met het aantal beschikbare punten (50 | 100 | 250 | 100 | 50) zijn gestuiterd.
De speler gebruikt een shooter die de belangrijkste projectielbel en de volgende beschikbare bel bevat. Ze krijgen ook toegang tot een richtlijn die bestaat uit gekleurde stippen die overeenkomen met de kleur van het hoofdprojectiel. Ze gebruiken de stippen om het schot af te stemmen op de juiste bijpassende kleur bubbels in de rijen. Ze ontvangen combo-punten vermenigvuldigers voor opeenvolgende lijnverwijderingen. De bubbels glijden over het speelveld naar beneden. Het spel eindigt als er ook maar één onder aan het scherm glijdt.
Bubble Shooter Challenge 2 biedt een gouden laserbooster die verschijnt na een bepaald aantal opeenvolgende lijnverwijderingen. De speler kan de laser door alle bubbels op het speelveld schieten om punten te verdienen.
Het spel bevat ook een klassement met 50 topscores. De speler wordt gevraagd een gebruikersnaam en zijn score aan het bord toe te voegen.
