BoBoiBoy Galaxy Run is een lopende, zijwaarts scrollende platformgame gebaseerd op de populaire Maleisische kindertelevisieserie BoBoiBoy. De speler begint als BoBoiBoy Fire. Uiteindelijk kunnen ze in het spel energiepunten gebruiken om te upgraden naar andere superheldenversies van BoBoiBoy (Bliksem en Aarde) en andere personages (Ying en Fang).
Het uitgangspunt van de gameplay is eenvoudig. De speler stuurt BoBoiBoy of een ander personage om te rennen, springen, glijden en sprinten door een breed scala aan terreinen en levels. Het personage moet bijvoorbeeld door een woestijn, een industriegebied of een moeras rennen. Tijdens het rennen houdt het spel de afstand van het personage bij. Als de speler onvermijdelijk een fout maakt of om een andere reden faalt, moet hij of zij proberen de afstand die hij of zij als laatste heeft afgelegd, te verbeteren.
Dat gezegd hebbende, bevat het spel ook missies en prestaties die de speler kan bereiken met energiepunten die hij of zij tijdens het rennen en via dagelijkse beloningen verzamelt. De missies, die worden weergegeven als grijze horizontale stroken die aan het begin van de run op het scherm glijden, kunnen bestaan uit opdrachten om een bepaald aantal vijanden of bommen te vernietigen of een bepaalde afstand te bereiken.
BoBoiBoy Galaxy Run stelt de speler voor een groot aantal obstakels, waaronder zand- en waterkuilen, paarse kristallen met spijkers en verschillende vijanden. De speler kan de meeste obstakels overwinnen door het personage te laten springen of sprinten. Hij vuurt automatisch een wapen af op vijanden.
