Hex Aquatic Kraken is een connect-stijl match-3 puzzelspel dat zeshoekige (hex) vormen en onderwaterafbeeldingen gebruikt voor de borden en tegels in plaats van bellen, houtblokken, edelstenen of andere voorwerpen en thema`s. Net als bij soortgelijke spellen wordt een speler uitgedaagd met een bepaald aantal en soort opdrachten per level.
Om naar het volgende level te gaan, moet de speler de taak of taken voltooien door drie overeenkomende onderwaterelementen te verbinden om de tegels van het zeshoekige bord te verwijderen. Ze hoeven niet alle tegels van het bord te verwijderen. Ze moeten bijvoorbeeld een bepaald aantal punten of dieren halen of de Kraken verslaan voordat de tijd om is.
Als de speler een taak of taken in Hex Aquatic Kraken heeft voltooid, verwijdert het bord automatisch de rest van de tegels. Het spel kent vervolgens punten en maximaal drie sterren toe op basis van de prestaties van de speler.
Het spel biedt de speler veel tips voor succes. Er worden visuele instructies weergegeven voor specifieke zetten. Als de speler bijvoorbeeld vijf of meer aaneengesloten, gelijke tegels verwijdert, verwijdert het spel een hele rij. Het verwijderen van zes tegels zorgt ervoor dat een grote strook tegels verdwijnt. Als u meer dan zes stenen met elkaar verbindt, verwijdert het spel alle stenen per kleur en afbeelding of het hele bord.