BoBoiBoy Galaxy Run è un platform a scorrimento laterale basato sulla popolare serie televisiva animata malese per bambini BoBoiBoy. Il giocatore inizia come BoBoiBoy Fire. Alla fine può utilizzare i punti energia del gioco per passare ad altre versioni supereroistiche di BoBoiBoy (Fulmine e Terra) e ad altri personaggi (Ying e Fang).
La premessa del gameplay è semplice. Il giocatore dirige BoBoiBoy o un altro personaggio a correre, saltare, scivolare e sfrecciare attraverso una vasta gamma di terreni e livelli. Il personaggio potrebbe dover attraversare un deserto, una zona industriale o una palude. Durante la corsa, il gioco tiene traccia della distanza percorsa dal personaggio. Quando il giocatore inevitabilmente commette un errore o fallisce per qualche altro motivo, deve tentare di battere la sua ultima distanza migliore.
Detto questo, il gioco presenta anche missioni e obiettivi a cui il giocatore accede con i punti energia raccolti durante la corsa e tramite ricompense giornaliere. Le missioni, che appaiono come strisce orizzontali grigie che scorrono sullo schermo all`inizio di una corsa, possono includere l`ordine di distruggere un numero specifico di nemici o di bombe o di raggiungere una distanza specifica.
BoiBoy Galaxy Run presenta al giocatore molti ostacoli, tra cui pozzi di sabbia e acqua, cristalli viola e chiodati e vari nemici. Tuttavia, il giocatore può superare la maggior parte di essi dirigendo il personaggio a saltare o a correre. Il giocatore spara automaticamente un`arma contro i nemici.