Vega Mix 2: Mystery of Island es un juego de aventuras match-3 con temas de exploración y rescate. Un aventurero, Alex, desaparece en una isla tropical después de activar una trampa en un antiguo templo. Su mujer, Alice, y su amiga, Vicky, deciden buscarle.
El jugador debe ganar minijuegos de tres en raya para conseguir la suficiente moneda del juego para desbloquear áreas de la historia y ayudar a las mujeres a encontrar a Alex. En cada juego de tres en raya hay objetos que suelen encontrarse en los huertos, como coronas de brócoli, mazorcas de maÃz, tomates enteros, gotas de agua y herramientas de jardinerÃa. El jugador completa misiones, como recoger un número especÃfico de ciertos tipos de objetos, reorganizando las piezas para crear lÃneas de tres o más objetos idénticos.
La parte del juego dedicada a las misiones encomienda al jugador la tarea de ayudar a las mujeres a realizar acciones en la isla, como abrir una mochila, construir una cabaña, visitar un pueblo y salvar la fauna local. Con cada partida de tres en raya, el jugador gana monedas y estrellas. Con estas últimas desbloquea cada paso de la aventura.
Vega Mix 2 proporciona al jugador muchos potenciadores útiles, como cohetes, bombas, hilanderos inquietos y flores de molinete arco iris. Estas herramientas eliminan rápidamente filas, columnas, secciones y elementos aleatorios de los tableros. El jugador crea potenciadores emparejando cuatro o más objetos. También recibe potenciadores, junto con monedas de oro y vidas infinitas, en bonificaciones diarias y regalos de palmeras.