Mecha Run es un juego de carreras casual que requiere que el jugador, a través de un hombre palo amarillo con una gran cabeza, utilice palancas para dirigir un mecha alrededor, a través o por encima de obstáculos en varias pistas de obstáculos en una ubicación oceánica. El objetivo del jugador es ayudar al mecha a alcanzar un anillo de meta blanco y negro al final de la pista. Si algún obstáculo daña demasiado al mech en cualquier nivel, el jugador debe reiniciar el nivel.
Las pistas de obstáculos presentan paredes marrones y grises, hojas de sierra giratorias y otras amenazas. Después de tantos niveles, el jugador también debe participar en una batalla contra un jefe. El jugador utiliza palancas en el mech para moverlo a la izquierda, al centro o a la derecha en un recorrido. Dicho esto, no siempre pueden dirigir el mech alrededor de un peligro. Por ello, debe equiparse con habilidades especiales, herramientas y armas. Por ejemplo, pueden equipar una bonificación de onda de choque que envÃa un pulso que derriba muros de bloques grises, un poder invencible que blinda el mech o un dron volador que lanza bombas. Las herramientas y armas incluyen un cañón de bolas de fuego, una broca puntiaguda y un motor de estilo nitro.
Mecha Run suministra al jugador nuevas herramientas y armas después de cada carrera exitosa. El jugador debe ver los anuncios para equipar habilidades de bonificación.