Super Buddy Run es un juego de plataformas de desplazamiento lateral, de correr y saltar, que ofrece una jugabilidad divertida y desafiante en varios entornos hermosos pero mortales.
El objetivo principal del jugador es ayudar al personaje principal a correr en diferentes mundos. El primero es un entorno de parque conocido como El Bosque que cuenta con un parque de atracciones o carnaval de fondo y un camino para correr hecho de paredes de piedra. El juego también tiene una zona subterránea cavernosa conocida como el Volcán que cuenta con estructuras tecnológicamente avanzadas para el camino de carrera y plataformas de metal y un desierto nevado llamado Icelands que cuenta con estructuras de hielo entre bosques cubiertos de nieve.
El jugador también debe recoger estrellas y regalos. Con las estrellas, desbloquean nuevas pieles de compañeros, como un compañero que lleva una máscara negra marcada con una estrella blanca. Con los regalos, recogen poderes especiales, como un escudo protector en forma de burbuja que protege temporalmente al personaje contra todo lo que se encuentre en el camino. También pueden utilizar los objetos del camino para impulsar al personaje amigo hacia adelante, como las plataformas con resortes.
Super Buddy Run desafía al jugador con un montón de obstáculos que pueden matar al amigo, como abejas que pican y vuelan por encima, cuchillas circulares y curvas estacionarias afiladas que sobresalen del camino, charcos de agua que pueden hacer que el personaje se ahogue y pilares de maza que se levantan del agua. El compañero también muere y el nivel se reinicia si el jugador choca accidentalmente con la cabeza del personaje contra una plataforma.