Zen Triple 3D ist ein dreidimensionales Zuordnungs- und Sortierspiel. Der Spieler muss drei identische Gegenstände sammeln, die in einer klaren Blase vor einem hochwertigen Naturhintergrund schweben. Die Aufgabe des Spielers in jedem Level ist es, alle Gegenstände zu entfernen, bevor die Zeit abläuft.
Die Blase bietet eine 360-Grad-Ansicht der Objekte in ihr. Allerdings könnte der Spieler Schwierigkeiten mit der Rotation und der Wahrnehmung der Entfernung haben. Die Blase dreht sich nur langsam. Außerdem erscheinen einige Gegenstände kleiner als andere.
Das Spiel bietet sieben leere Kästchen auf dem Tisch unter der Blase für die Übertragung von Gegenständen und Übereinstimmungen. Wenn der Spieler drei übereinstimmende Gegenstände auswählt, entfernt das Spiel die Gegenstände vom Tisch. Wenn er keine passenden Objekte auswählt, gehen ihm die leeren Felder aus.
Mit der Zeit steigt die Anzahl der Gegenstände in der Blase. Wenn der Spieler aufeinanderfolgende Treffer erzielt, erhält er Multiplikatoren. Am Ende eines Levels erhält er einen letzten Zeitbonus und die Möglichkeit, einen Punktemultiplikator zu nutzen. In den meisten Fällen muss der Spieler Werbung sehen, um diese Vorteile zu erhalten.
Zen Triple 3D bietet Booster und Hilfsmittel, um das Spiel zu verbessern, darunter einen Magneten, einen automatischen Matcher und ein 10-Sekunden-Freeze auf der Uhr. Der Spieler sammelt auch Münzen, mit denen er für Optionen bezahlen kann. Sobald er bestimmte Meilensteine erreicht hat, wie z. B. das Erreichen einer bestimmten Anzahl von Levels oder das Sammeln einer bestimmten Anzahl von Sternen, kann er Schatztruhen freischalten, die mit kostenlosen Münzen und Boostern, neuen Gegenstandssets und Hintergrundthemen gefüllt sind.