Anaconda Runner ist ein Dash-Rennspiel im Level-Stil, in dem eine blaue Schlange auf einer Rennstrecke Pellets jagt. Während jedes Rennens ist es das Ziel des Spielers, die Schlange so groß wie möglich werden zu lassen, damit sie bis zum Ende der Strecke, durch einen Abschnitt mit Multiplikatoren und zu einer mit Geld gefüllten Schatztruhe schlüpfen kann.
Der Spieler lässt die Schlange wachsen, indem er sie anweist, blaue Kugeln und andere Schlangen zu fressen. Er muss sie von den Rändern der Strecke und allen Hindernissen und Fallen fernhalten, wie z.B. Metallgittertoren und kreisförmigen gezackten Klingen an beweglichen Armen.
Das Spiel bietet auch eine zahlenbezogene Wachstumsanforderung. Die Schlange kann nur Schlangen fressen, über deren Kopf eine kleinere Zahl schwebt als über ihrer eigenen (z. B. grüne Schlangen). Das Spiel hat auch blaue und rote Tore. Mit blauen Toren vergrößert der Spieler seine Schlange, mit roten Toren verkleinert er sie.
Anaconda Runner bietet viele lustige Extras. Der Spieler kann einen kostenlosen Tagesbonus und einen Drehradpreis beanspruchen. Manchmal erhält er Zugang zu Schlüsseln, um Schatztruhen zu öffnen. Außerdem gibt es ein schnelles Klicker-Schatztruhen-Minispiel.
Der Spieler verwendet sein Geld, um Skins und Kopfbedeckungen freizuschalten, die Fähigkeiten seiner Schlange aufzustufen und ihre Fähigkeit, Geld zu verdienen, zu verbessern. Er kann diese Extras auch durch das Ansehen von Werbevideos erwerben.