Treasures of the Sea ist ein 3-Gewinnt-Puzzlespiel, bei dem es um die Jagd nach Piratenschätzen in 40 Levels auf verlassenen tropischen Inseln geht. Der Spieler erhält die Aufgabe, eine bestimmte Anzahl und Art von Gegenständen pro Level auf einem Brett zu finden, auf dem verschiedene Schätze und Waffen abgebildet sind, darunter Bomben, Edelsteine, Schriftrollen, Schwerter, Sprengstoff und Truhen. Der Spieler muss drei gleiche Piratengegenstände in einer Reihe oder Spalte finden, um sie vom Spielbrett zu entfernen.
Jeder Level stellt eine andere Herausforderung dar. Es kann sein, dass der Spieler ein Spielbrett von Gegenständen befreien muss, die nicht zu einer Mission gehören, damit die gewünschten Gegenstände auf dem Spielbrett erscheinen. Das Spiel lässt zusätzliche versteckte Gegenstände von oben in die Lücken fallen, die durch das Entfernen von Gegenständen entstanden sind. Einige Spielbretter haben Lücken oder Blöcke, die die Bildung einer Linie verhindern. Der Spieler muss diese Hindernisse umgehen.
Treasures of the Sea bietet Verstärkungsmöglichkeiten durch Powerups. So kann der Spieler zum Beispiel ein Feuer- und Blitz-Powerup verwenden, um eine Reihe und eine Spalte gleichzeitig zu zerstören, oder ein elektrisches Powerup, das zufällig Gegenstände mit Elektrizität entfernt. Wenn der Spieler keine Züge mehr hat, muss er das Level neu starten.
