Robo Runner ist ein lockeres Laufspiel mit Battle-Arena-Elementen, ähnlich wie Mecha Run. Das verbesserte Gameplay beinhaltet eine Laufsteuerung, eine Strafe für das Verlassen der Strecke ins Wasser und mehr einzigartige Waffen.
Der Spieler versucht, das Ende von geraden und geteilten Hindernisstrecken zu erreichen, die auf einem Ozean schwimmen. Er darf jeweils einen Roboter aus einer Auswahl von zwei oder mehr Robotern einsetzen, um die Hindernisse zu überwinden, darunter ein Einrad-Roboter mit Waffen, eine Kugel mit Stacheln, ein Kreisel mit Klingen, ein Minipanzer, ein Bohrer und ein Flugzeug. Zu den Hindernissen gehören feindliche Truppen, Stacheln, Wände und Schienenlücken. Zu den Bosskämpfen gehören Feinde, die Laserstrahlen abfeuern, Kristallformationen schießen oder grüne Tornados erzeugen können.
Robo Runner setzt den Roboter nicht auf einen automatischen Lauf. Stattdessen steuert der Spieler alle richtungs- und geschwindigkeitsbezogenen Aktionen. Die Waffen feuern automatisch. Jeder Roboter verfügt über spezielle Fähigkeiten, mit denen er Hindernissen auf einer Strecke entgegenwirken kann. So kann der Spieler zum Beispiel mit dem Einrad-Roboter riesige Strichmännchen schrumpfen lassen, mit dem Bohrer Objekte zerreißen oder mit dem Flugzeug alles überfliegen. Der Spieler akzeptiert diese Roboter und ihre Bonusfähigkeiten, indem er sich die Werbung ansieht. Wenn ein Level zu schwierig ist, kann er es überspringen, indem er sich ebenfalls eine Werbung ansieht.