Mecha Run ist ein Laufspiel für zwischendurch, bei dem der Spieler über ein gelbes Strichmännchen mit einem großen Kopf einen Mecha mit Hilfe von Hebeln um, durch oder über Hindernisse auf verschiedenen Hindernisparcours in einer Meereslandschaft lenken muss. Das Ziel des Spielers ist es, dem Mech zu helfen, einen schwarz-weißen Zielring am Ende der Strecke zu erreichen. Wenn ein Hindernis den Mech in einem Level zu sehr beschädigt, muss der Spieler das Level neu starten.
Die Hindernisparcours sind mit braunen und grauen Wänden, rotierenden Sägeblättern und anderen Bedrohungen versehen. Nach so vielen Levels muss der Spieler auch an einem Bosskampf teilnehmen. Der Spieler benutzt Hebel am Mech, um ihn auf einem Parcours nach links, mittig oder rechts zu bewegen. Allerdings kann er den Mech nicht immer um eine Gefahr herum steuern. Daher muss er spezielle Fähigkeiten, Werkzeuge und Waffen ausrüsten. Sie können zum Beispiel einen Schockwellenbonus ausrüsten, der einen Impuls aussendet, der graue Blockwände zum Einsturz bringt, eine unbesiegbare Kraft, die den Mech abschirmt, oder eine fliegende Drohne, die Bomben abwirft. Zu den Werkzeugen und Waffen gehören eine Feuerballkanone, ein spitzer Bohrer und ein nitroähnlicher Motor.
Mecha Run versorgt den Spieler nach jedem erfolgreichen Lauf mit neuen Werkzeugen und Waffen. Um Bonusfähigkeiten zu erhalten, muss der Spieler auf Werbung achten.
