Happy Glass 3 ist ein Logik-Puzzle-Spiel mit semi-realistischer Physik, einer Zeichenanforderung und anthropomorphen Gläsern. Das Ziel des Spielers ist es, in 25 Levels Trinkgläser glücklich zu machen, indem er sie mit Wasser aus Spendern füllt. Dabei muss er handgezeichnete Linien aus Punkten verwenden, um den Wasserfluss an Objekten und Lücken vorbei zu lenken, die verhindern, dass ein Glas Wasser aufnimmt.
Der Spieler verwendet einen Bleistift, um die Linien auf dem weißen Millimeterpapier-Hintergrund zu zeichnen. Er muss langsam und sorgfältig zeichnen, denn der Bleistift markiert das Papier nur mit schwarzen Punkten. Im Gegensatz zu ähnlichen Spielen kann er jedoch Linien zeichnen und neu zeichnen, nachdem das Wasser aus einem Spender zu fließen beginnt.
Das Wasser fließt auch in Form von Kugeln statt in einem kontinuierlichen Strom, was bedeutet, dass der Spieler verhindern muss, dass kleine Kugeln zwischen die Linienpunkte fallen. Außerdem hören die Kugeln in unterschiedlichen Abständen auf zu rollen und zu fließen. Dadurch kann verhindert werden, dass das Wasser rechtzeitig in ein Glas oberhalb der Fülllinie tropft.
Happy Glass 3 belohnt den Spieler mit bis zu drei Sternen, wenn er gut abschneidet. Das Spiel stellt den Spieler vor zahlreiche Herausforderungen, darunter schwer zu zeichnende Objekte und Wasser, das in Richtungen fließt, die nicht in der Nähe eines Glases liegen. Der Spieler muss sich auf sein Wissen über Schwerkraft und Physik verlassen, um seine Lösungen zu finden.
Das Spiel belohnt den Spieler auch mit Münzen. Dieses Geld wird in drei Kategorien (Wasser, Bleistift und Gesicht) verwendet, um die Farbe, das Design und die Stimmung zu verbessern.