Water Color Sort er et sorteringsspil. Spilleren skal bruge sine ræsonnementsevner til at afgøre, hvad der er bedst at gøre for at sortere bånd af farvet vand i reagensglas. Spillet ligner kuglesorteringsspil, der bruger kugler i stedet for farvet vand. Det indeholder i alt 40 niveauer. Spilleren skal fuldføre en opgave i et niveau for at låse op for det næste niveau. De har succes, når de sorterer alle de forskellige farvede bånd af vand i separate reagensglas.
Spilleren kan kun overføre et farvet bånd af vand til et tomt rør eller et rør, der indeholder en matchende farve, der står alene eller oven på ikke-matchende farver. Hvis man begår en fejl, får man fem chancer for at fortryde et tidligere træk ved hjælp af en fortryd-knap, der er markeret med en pil, der peger mod venstre, og et tal.
Heldigvis giver Water Color Sort også spilleren mulighed for at nulstille et niveau, hvis man ikke kan fortryde sit sidste træk eller løber helt tør for muligheder. De skal blot klikke eller trykke på knappen øverst på skærmen, der er markeret med en buet pil tilbage. De kan også tilføje et ekstra reagensglas til spillepladen med en knap i øverste højre hjørne mærket med et plustegn og et reagensglas-ikon.
Det er vigtigt at bemærke, at spillet øger antallet og nuancerne af farver for hvert nyt niveau. Spilleren skal tænke strategisk for at finde den rigtige kombination af træk, der er nødvendige for at fuldføre opgaven.