Pac-Rat er et puslespil i labyrint-stil, der minder om det klassiske Pac-Man-spil. En rotte forsøger at spise cheddarostkiler og -hjul i labyrinter på tværs af seks niveauer. Alligevel er den truet af flere snigende katte. Spillerens opgave er at hjælpe rotten med at holde sig i live længe nok til at spise al osten.
Så snart børnestemmerne råber: "Gør dig klar... af sted!", skal spilleren bruge strategi og elementer i hver labyrint for at forhindre kattene i at fange rotten. De kan simpelthen bruge observation til at lede rotten væk fra ethvert område, hvor der er en kat. Da kattene også jager rotten, kan spilleren dirigere rotten til at spise et af flere hjul for at få en power up, der midlertidigt forvandler rotten til et grønt monster, der spiser katte. Når rotten forvandler sig, skriger kattene og løber væk. Når den spiser en af dem, er den døde kats spøgelse tvunget til at gå tilbage til sit hjemområde for at genopstå, hvilket giver spilleren tid til at dirigere rotten til at spise flere ostekiler.
Pac-Rat byder på to ekstra nyttige spilfunktioner. Det tilbyder portalstilede porte på venstre og højre side af hver labyrint, som spilleren kan bruge til at transportere rotten hurtigt fra den ene side til den anden side. Det giver også tre liv til rotten. Når der kun er ét liv tilbage, giver spillet spilleren mulighed for at starte et niveau forfra uden at tvinge ham til at spille hvert niveau igen.