Fish Story 2 er det næste spændende match-3-puslespil i Fish Story-serien. Spilleren hjælper en havfrue med at samle undersøiske genstande, såsom søstjerner, skaller og vandmænd, på tværs af adskillige niveauer, der er repræsenteret ved trædesten på en sti dybt nede i havet. Hvert niveau i spillet indeholder en opgave til spilleren. De skal fuldføre opgaven ved at placere tre eller flere matchende genstande i en række eller kolonne på spillepladen.
Spillet giver spilleren flere metoder til at samle genstande hurtigere. Hvis de forbinder mere end tre matchende genstande, kan de skabe en booster som f.eks. en linjeeksplosion, en krydseksplosion og en farvebombe. For eksempel giver farvebombe-boosteren dem mulighed for at bruge bomben til at fjerne alle genstande af samme type fra brættet med ét træk. De låser også op for flere boostere, herunder en swap-booster og en trident. Spilleren kan købe ekstra boostere med mønter, som de tjener i slutningen af hvert niveau, og modtage gratis daglige gaver og skattekistefund.
Fish Story 2 tilbyder andre sjove typer gameplay. Spilleren kan indsamle mystiske sedler og endda spille i en turnering.