Boeing Flight Simulator 3D giver spilleren mulighed for at tage kontrol over et kommercielt fly som pilot, der skal udføre visse flyveopgaver, f.eks. flyve gennem hvide rammer i luften og transportere og aflevere passagerer i lufthavne på destinationen. Med hver vellykket tur får spilleren adgang til yderligere lufthavne og kontanter og mønter til at betale for brændstof og opgraderinger af flyet.
Denne simulator viser ikke et cockpit. I stedet bruger spilleren flydende værktøjer i forgrunden af udendørs scener og udvendige optagelser af flyet. Spillet giver spilleren mulighed for at ændre kameravisninger for at se flyet, landingsbanen og andre miljøer fra forskellige perspektiver. Det leverer også lysegrønne ledelinjer på himlen for at vise den korrekte rute, som de skal tage for at nå deres destination.
Boeing Flight Simulator 3D kræver, at spilleren bruger et tastatur til at styre flyet op, ned, til venstre og højre, mens han holder øje med den kunstige horisontboble eller højdeindikatoren og brændstofmåleren. Ellers bruger spilleren sin mus eller touch-enhed til at foretage justeringer, f.eks. ved at skubbe på skubbehåndtagene for at accelerere og bremse og ved at trykke på knapperne til landingsgearet og bremsen.
