Upside Down är ett pusselplattformsspel där spelaren måste navigera en röd fyrkantig figur genom två farliga upp-och-nervända världar på 40 nivåer. I varje nivå måste de samla tre guldstjärnor inuti ringar för att gå vidare till nästa nivå genom vita, portalliknande dörröppningar.
Varje nivå
Varje nivå ställer spelaren inför flera problem. De måste nå stjärnor som vanligtvis finns utspridda över båda världarna. De måste styra den röda fyrkanten noggrant så att den glider, hoppar och faller mellan plattformar och andra strukturer i de två världarna, så att de inte missar chansen att nå stjärnorna och dörren. De måste också ibland styra den bort från skugg- och enfärgade spikar och växla mellan världarna ofta. Detta leder till att taket i ett område i den första världen förvandlas till det golv som spelaren använder för rutans rörelser i den andra världen. Farliga spikar i den ena världen blir en del av väggdekorationen i den andra.
Upp och ner
Upside Down hjälper spelaren att uppnå sina mål på flera sätt. Spelaren kan snabbt förflytta sig mellan världarna med en knapptryckning. De kan samla nycklar för att låsa upp dörrar, blockera spikar och till och med skapa användbara ledningar. Slutligen, i senare nivåer, kan de använda pulserande, virvlande portaler för att snabbt flytta torget mellan områden som de annars inte skulle kunna nå.