Toppskjutning: The Pirate Ship är ett snabbt dragspel för en spelare som utspelar sig ombord på 1800-talets segelfartyg i Karibiska havet och ställer spelaren mot oroliga pirater som har tagit en långhårig kvinna i grön klänning som gisslan. Spelarens främsta mål är att lyckas skjuta var och en av männen utan att träffa gisslan, öka sin poäng genom att skaffa så mycket guld som möjligt och försöka slå sin senaste högsta poäng varje runda efter att de förlorat en oavgjord.
Spelet utmanar spelaren på olika sätt. Piraterna, som inkluderar levande män och skelett, dyker plötsligt upp inuti kråkbonader, kanonportar, livbåtar och fönster. De dyker också upp bakom tunnor, lådor och däcksräcken. Spelet ökar också antalet pirater och hastigheten på deras dragning med tiden. Spelaren måste också delta i en bossskjutning med en svårdödad, portlig kapten.
I Top Shootout: The Pirate Ship kan spelaren ladda om sin kanon varje gång han använder alla kulor. De samlar ytterligare bollar, liv och skattkistor genom att skjuta föremål som dyker upp flytande i närheten av piraterna. När de dödar pirater och skyddar gisslan får de 2x och 3x multiplikatorer som ökar antalet mynt de tjänar. De kan också få belöningar för att nå vissa milstolpar, till exempel när de når 10 000, 100 000 och 200 000 poäng, samlar 15 liv, besegrar 1 000 pirater, besegrar 10 bossar och samlar 15 kistor.