Squirrel Bubble Shooter börjar med många olika bubblor i olika färger på skärmens ovansida. Spelaren, som är en ekorre, befinner sig längst ner på skärmen. Bubblorna är ibland klumpade med andra bubblor av samma färg. Ekorrelfiguren får en bubbla av en viss färg. Kasta den bubblan upp i luften mot en bubbla av samma färg och när bubblorna kolliderar försvinner alla bubblor som rörde vid varandra. När alla bubblor har försvunnit från skärmen har nivån avslutats och spelaren går vidare till nästa nivå. Varje nivå belönas spelaren med poäng, beroende på hur snabbt nivån klarades av. För att bubblorna ska poppa måste bubblorna röra vid minst tre andra bubblor av samma färg. Om andra färgade bubblor är fästa vid botten av de bubblor som poppats kommer dessa extra bubblor dessutom att falla ner på golvet i nivån och poppa. Ekorren kan kasta en bubbla upp till var den vill. Att kasta bubblan mot en annan bubbla eller till och med att studsa bubblan mot väggen först är ett alternativ.
Spelet har en ljusfärgad djungelbakgrund som ackompanjeras av musik med djungeltema. Spelet är roligt att spela och det håller ett högt tempo i spelet. Spelet belönar spelarna med poäng för snabbt spelande, så se till att kasta bubblorna så fort du kan för att nå nästa nivå.
