Space Zoo är ett blockpusselspel med djur som polyominoformer. Spelaren måste stapla fallande figurer till tornliknande strukturer på en flytande plattform i tre utmaningslägen (Stack, Survival och Catch). När spelaren gör bra ifrån sig vinner han/hon poäng och mynt. De kan använda pengarna för att köpa fler djur.
I läget Stack placerar spelaren så många djur som möjligt innan blocken hopar sig planlöst och korsar en grön laserlinje som sänds ut från två generatorer ovanför plattformen. I överlevnadsläget staplar de figurer tills de får slut på liv. I Catch-läget staplar de djuren snabbt innan en gnistrande substans som fyller skärmen nerifrån når toppen av stapeln. I alla tre lägena förlorar spelaren poäng och liv när blocken faller från plattformens sida.
Space Zoo förser spelaren med användbara verktyg som hjälper dem att stapla block. De kan rotera och glida blocken på plats. Spelet visar också en vertikal pelare av ljus för att hjälpa spelaren att se bättre mot den mörka, stjärnklara bakgrunden.
