Butterfly Kyodai HD är en högupplöst version av det populära matchspelet med många olika fjärilsvingar på en stenbräda mitt i en vattenpöl. Spelarens mål är att ta bort alla vingar från brädet genom att matcha dem i par. Spelet gör processen svårare med tidsbestämt spel.
Om spelaren misslyckas med att ta bort alla par vingar innan tiden går ut förlorar han spelet. Spelaren kan bara para ihop matchande vingar som ligger bredvid varandra på brädans insida eller kanter eller som inte blockeras av några icke-matchande vingar. Den första valda vingen lyser vit och pulserar på sin plats på brädet innan spelaren matchar den med en andra vinge. När de lyckas matcha ett par vingar glider vingarna ihop och bildar en fjäril.
Butterfly Kyodai HD erbjuder två verktyg som hjälper spelaren att hitta matchningar på brädet. Med trollstavsknappen väljer spelet ut två matchande vingar, markerar dem med grönt och får dem att pulsa på sina platser. Med en dubbelpilsknapp ställer spelet om alla vingar för att ge spelaren fler matchningsmöjligheter.