Bubble Shooter Pro 3 är ännu en del i den roliga bubbelskjutarserien Bubble Shooter Pro. Spelaren skjuter bubblor som glider nerför en spelplan med en bubbelprojektil och skjutare. Bubblorna kan glida i olika hastigheter, vilket innebär att spelaren måste skjuta stadigt för att förhindra en hög. Bubblorna faller bara bort från raderna om spelaren matchar tre eller fler av samma färg. Deras mål är att tjäna så många poäng som möjligt innan raderna med bubblor glider under en horisontell linje längst ner på skärmen.
Spelet behandlar bubblorna som studsbollar. De poppar när de träffar poängzoner som initialt är markerade med 60 | 120 | 300 | 120 | 60 längst ner på fältet. Om spelaren tar bort bubblor i en följd tjänar de multiplikatorer som ökar de tillgängliga poängen i zonerna. Om de fortsätter att skjuta och ta bort bubblor utan avbrott (dvs. skapar en streak), tjänar de eldbollar och bomber och till och med en poängzon som är "i brand". Multiplikatorerna ökar poängen till 200 | 400 | 1000 | 400 | 200.
Bubble Shooter Pro 3 belönar också poäng om spelaren går om andra onlinespelare med en högre poäng. De tjänar extra poäng om de använder boosters eller når specifika enkla och medianprestationsmål. Till exempel kan de behöva använda ett visst antal bomb- eller eldbollsboosters eller spela ett visst antal dagar i rad.