I Bubble Shooter Challenge 2 ska spelaren tjäna poäng genom att skjuta färgade godisbubblor som studsar runt som bollar och hänger från toppen av spelskärmen. Spelaren måste ansluta en projektilbubbla till två matchande bubblor för att skapa en linje som poppar. Bubblor under den linjen faller och poppar efter att ha studsat mot spelplanens vertikala sidoväggar eller väggarna som skiljer områden märkta med antalet tillgängliga poäng (50 | 100 | 250 | 100 | 50).
Spelaren använder en skjutare som innehåller den huvudsakliga projektilbubblan och nästa tillgängliga bubbla. De får också tillgång till en mållinje gjord av färgade prickar som matchar huvudprojektilens färg. De använder prickarna för att hjälpa dem att rikta in skottet mot rätt matchande färgbubblor i raderna. De får multiplikatorer för kombinationspoäng för att ta bort rader i följd. Bubblorna glider nerför spelplanen. Spelet slutar om ens en glider under skärmens botten.
Bubble Shooter Challenge 2 erbjuder en gyllene laserbooster som visas efter ett visst antal på varandra följande radborttagningar. Spelaren kan skjuta lasern genom alla bubblor på spelplanen för att tjäna poäng.
Spelet har också en topplista med 50 av de bästa poängen. Det uppmanar spelaren att lägga till ett användarnamn och deras poäng till tavlan.
