Vega Mix 2: Mystery of Island é um jogo de aventura de combinar 3 com temas de exploração e salvamento. Um aventureiro, Alex, desaparece numa ilha tropical depois de ter ativado uma armadilha num templo antigo. Sua esposa, Alice, e sua amiga, Vicky, decidem procurar por ele.
O jogador deve vencer minijogos de combinar 3 para ganhar moeda suficiente no jogo para desbloquear áreas da história e ajudar as mulheres a encontrar Alex. Cada jogo de combinar 3 apresenta itens normalmente encontrados em hortas, como coroas de brócolos, espigas de milho, tomates inteiros, gotas de água e ferramentas de jardinagem. O jogador completa missões, como recolher um número especÃfico de certos tipos de itens, reorganizando as peças para criar linhas de três ou mais objectos idênticos.
A parte de missões do jogo atribui ao jogador a tarefa de ajudar as mulheres a realizar acções na ilha, como abrir uma mochila, construir uma cabana, visitar uma aldeia e salvar a vida selvagem local. Com cada jogo de combinar 3, o jogador ganha moedas e estrelas. Usa estas últimas para desbloquear cada passo da aventura.
O Vega Mix 2 fornece ao jogador muitos impulsionadores úteis, incluindo foguetes, bombas, fidget spinners e flores de cata-vento arco-Ãris. Estas ferramentas removem rapidamente linhas, colunas, secções e itens aleatórios dos tabuleiros. O jogador cria boosters fazendo corresponder quatro ou mais objectos. Também recebe boosters, juntamente com moedas de ouro e vidas infinitas, em bónus diários e presentes de palmeira.