Bubble Shooter Butterfly é um jogo de rebentar bolhas que obriga o jogador a libertar borboletas das bolhas com um atirador de anéis. As bolhas e as borboletas aparecem em vários padrões em frente a um cenário exterior reminiscente de anime japonês que apresenta uma montanha ao longe com um riacho, uma floresta e uma ponte de madeira em primeiro plano. Cada nÃvel apresenta desafios cada vez mais difÃceis e boosters especiais que ajudam o jogador a vencer.
O jogador recebe um laser com uma ponta circular para usar com o atirador para atingir duas ou mais bolhas ligadas que coincidam com o projétil principal. Se o jogador não conseguir encontrar uma correspondência, pode selecionar o disparador para trocar os projécteis principal e secundário e experimentar uma cor diferente. Para rebentar as bolhas, dispara o projétil contra o grupo. Se uma bolha rebentada contiver uma borboleta, o jogo liberta-a.
O Bubble Shooter Butterfly fornece ao jogador um número limitado de projécteis. O jogador pode ver o número de projécteis restantes a qualquer momento dentro do anel do atirador. Também não precisa apenas dos projécteis normais para ganhar. O jogo fornece boosters, incluindo um booster de Feixe Floral que actua como um foguetão que elimina uma faixa de bolhas e um booster Sparkle que faz rebentar bolhas numa área. Também tem pirilampos presos nas bolhas. Quando o jogador liberta um, o pirilampo faz rebentar bolhas aleatoriamente.
Para além dos pontos que o jogador ganha com os seus disparos e o número de projécteis restantes no final de um nÃvel, também ganha até três estrelas douradas e baús de tesouro.