Balloon Match 3D é um jogo de combinar 3 com um tema de balões. O único objetivo do jogador é limpar cada campo de jogo de balões flutuantes ligados a um presente. O jogador pode remover até sete balões em qualquer altura, enviando-os para sete espaços de bolha vazios perto do fundo do campo de jogo. Dito isto, têm de coordenar as suas selecções para nunca encherem completamente os espaços de bolhas e ficarem sem movimentos.
O jogo só permite estourar três balões iguais, chamados de peças no jogo, nos espaços de bolha. Quando o jogador seleciona balões, ele deve tentar selecionar três da mesma cor consecutivamente para manter os espaços abertos.
Quando o jogador remove todos os balões, o jogo atribui estrelas como pontos e um bónus de estrelas com base em multiplicadores de remoções consecutivas e na quantidade de tempo restante num relógio de contagem decrescente. Após uma determinada quantidade de jogo, o jogo também recompensa o jogador com tesouros num baú e novos designs de azulejos, como balões que exibem rostos sorridentes e bandeiras de paÃses.
O Balloon Match 3D ajuda o jogador a fazer as selecções certas e a rebentar balões de várias formas. O jogo destaca os balões seleccionados a verde. Ele fornece cinco ferramentas abaixo dos espaços de bolha ao longo do tempo, incluindo uma ferramenta de lâmpada amarela que remove três balões correspondentes automaticamente e uma seta para trás que reverte o último movimento.
O jogador também pode rodar os balões para encontrar correspondências mais rapidamente e usar boosters para destruir balões. Se falhar, pode também utilizar as moedas ganhas ou ver anúncios para continuar em vez de começar de novo.