In Cute Bubble Shooter, een bubbelspel, moet een speler een rode zon met oranje-gele bubbels helpen ontsnappen uit een veld met rijen kleurrijke, gemengde bubbels met antropomorfe gezichten en verschillende voorwerpen. De speler kan de bubbels rond de zon alleen verwijderen door verbonden lijnen van drie of meer bubbels te maken met projectielbubbels die worden afgeschoten door een zwarte kanonschutter die in de lucht zweeft midden onder in het scherm boven een blauw-witte achtergrond met verloop.
De speler hoeft niet alle bellen uit het veld te verwijderen om een level te winnen. Hij hoeft alleen maar de zon te bevrijden en punten te verdienen voor zijn inspanningen. Het tweede doel in elk level is om punten te verdienen door de bellen te laten knappen. Hun tertiaire doel is om te voorkomen dat de bubbels onder een rode horizontale lijn boven het kanon glijden of zich ophopen.
Cute Bubble Shooter vereist dat de speler elk schot laat tellen. De speler krijgt vijf vrije passen, weergegeven als gele bellen links van de schutter. Als ze geen lijn kunnen maken, verliezen ze een van deze bubbels en wordt de plek grijs. Als ze alle vijf kwijt zijn, voegt het spel willekeurig extra bubbels toe aan het veld en in de gaten rond de zon. Ook worden de passen opnieuw ingesteld. De speler kan minder slechte schoten maken door strategisch te plannen met een piepklein voorproefje van het volgende projectiel direct onder het kanon.
De speler houdt bij hoeveel zonnen hij helpt ontsnappen in de linkerbovenhoek van het scherm. Rechtsboven wordt de score bijgehouden.
