Candy Shop Merge is een incrementeel of klikkerspel waarin de speler nieuwe snoeprecepten maakt in een snoepwinkel door twee dezelfde soorten bestaande of nieuwe snoepjes samen te voegen. Ze kunnen een breed scala aan heerlijke snoepjes maken, waaronder enkelvoudige en meervoudige harde of zachte twist-wrapper, rondgestreepte en marshmallow snoepjes.
De belangrijkste doelen van de speler zijn, naast het maken van zoveel mogelijk nieuwe snoeprecepten, om waar mogelijk in level te stijgen om nieuwe blauwe ruimtes met ronde hoeken vrij te spelen in het samenvoeggebied, actief en passief veel munten te verdienen, muntbeloningen te claimen voor prestaties en snoepjes te kopen om samenvoegingen sneller te voltooien.
Als de speler niets doet, laat het hoofdpictogram van de zakgenerator, een zak met een aftelklok onder in het midden van het scherm, automatisch nieuwe zakken met snoepjes vallen in het samenvoeggebied. Alle snoepjes genereren ook passief munten. De speler kan het genereren van zakjes versnellen door herhaaldelijk het snoepzakgeneratoricoon te selecteren. De meer geavanceerde snoeprecepten leveren de speler passief de meeste munten op.
Candy Shop Merge laat blauwe zakken vallen die ook willekeurig snoep produceren. De speler gebruikt zijn munten ook om snoep te kopen dat hij nodig heeft om een samenvoeging te voltooien.