Bubble Shooter: Story is een bubbelschietspel waarin een vrolijke beer in een heteluchtballon naar drijvende landmassa`s reist in 75 spelniveaus. Het doel van de speler is om de beer te helpen zijn reis te voltooien door bubbels te schieten. De bellen lijken meer op stuiterballen. De bubbels die door een projectiel worden vernietigd, spatten bij aanraking uiteen, maar de rest valt van het speelveld in kommen onder en rond de schutter. Het spel kent dan punten, gouden munten en, indien van toepassing, bonusmunten toe.
De speler moet een kleurrijke projectielbel naar twee of meer bij elkaar horende bubbels schieten om ze van het veld te verwijderen. De opdrachten kunnen bestaan uit het onthullen van lichten in de bovenste rij die verborgen zijn achter bubbels, het bevrijden van dieren die vastzitten in bubbels of het schieten op draaiende doelen. De speler kan soms boosters gebruiken om bubbels te verwijderen. Ze kunnen een bom gebruiken om meerdere bubbels te verwijderen, een kleurenwielprojectiel om op elke kleur te schieten, een richtlijn om beter te richten en een vermenigvuldiger om vijf extra projectielen aan het beschikbare totaal toe te voegen. De speler gebruikt de gewonnen munten om meer boosters te kopen.
Bubble Shooter: Story bevat een bellenkanon in plaats van een pijl- of ringschieter. De speler kan bellen onder het kanon verwisselen om wedstrijden sneller te laten verlopen. Een getal op het kanon geeft het totale aantal beschikbare projectielen aan. Als de speler een opdracht voltooit, laat het spel automatisch het overgebleven speelveld en de projectielbellen in de schalen vallen.
